Нарис історії України. Том 1 - Дмитро Іванович Дорошенко
Відразу обидві сторони зайняли взаємне вороже становище й утворили два окремі собори: римо-католики й уніяти засідали окремо, православні й собі окремо. Православні збірались в домі князя Острожського. під проводом двох вірних владик: Гедеона Балабана й Михайла Копистенського. Більшість духовних і світських делегатів прилучилася до них. Обидві сторони уявляли собою справжні військові табори: навколо Берестя стояли гармати й обози. До збройного конфлікту не дійшло, але ж не дійшло й до ніякого порозуміння. Обидві сторони одлучили взаїмно своїх противників від церкви й прокляли. Так стався розрив, і обидві сторони повели між собою завзяту боротьбу. Передовсім завязалася гаряча літературна полеміка між оборонцями й ворогами унії.
В 1597 році Скарга видав книгу «Sinod brzeski i jego obrona», одночасно польською й українською мовами, обороняючи унію з канонічного погляду й доводячи, що православний собор в Бересті був юридично неправомочний. Він писав, що опозиція до унії це діло ріжних єретиків, аріян. На це православні зараз же відповіли виданням у Кракові в тім же році книги «Ектезіс, альбо короткоє собраніє справ, коториї ся діяли на помістном берестейском соборі», а слідом за тим появилась знаменита книга, видана зразу по польськи в 1597 р., а в 1598 й по українськи: «Апокризіс, альбо відповідь на книжки о соборі берестейском». Автором її, (що укривався під псевдонімом Христофора Філалета) був правдоподібно шляхтич Мартин Броневський, автор латинського опису Татарії з 1595 р. Наводячи відповідні документи, він розкривав історію унії й махинації єпіскопів, обороняв правосильність православного собору, доводив, що лиш на ньому було чути голос усієї православної церкви, бо тут взяли участь представники всіх православних земель Річи Посполитої. Тезам Скарги, що тільки єпіскопи мають рішаючий голос в справах віри, він протиставляв ідею соборної й демократичної церкви. На «Апокризіс» появився у відповідь «Антирресіс» Іпатія Потія (українською мовою в 1599 р., польською в 1600).
Серед інших памяток полемічного письменства, які робили на сучасників глибоке вражіння й викликали дальше продовження спору, треба назвати писання Клирика Острожського (1598-99), перейняті глибоким почуттям, і талановитий твір, зложений (але не видрукований) в 1605-1606 роках, під назвою «Пересторога, зіло потребная на потомниї часи православним христіянам, аби відали, яко некоториє єпіскопове не спасенія ради душ своїх, але для певних причин і дочасних пожитков от своего патріярха одступили і римському папежові в послушенство ся оддали, і великії замішанія в людях учинили», — твір, перейнятий глибоким патріотичним почуттям і визначний своїм розумінням культурних потреб свого часу. За автора цього твору Франко вважав відомого діяча Львівського братства Юрія Рогатинця.
Та найбільший інтерес мають писання афонського ченця Івана, родом з Вишні у Галичині (жив між половиною XVI і 30-ми роками XVII століття), його палкі посланія до єпіскопів, що покинули предківську віру, до всіх земляків, «що живуть у Ляцькій землі», його пристрастні обличенія занепаду моральности й релігійности у земляків, а особливо серед духовенства. Ці писання, що виявляють між іншим глибоке співчуття до недолі низчих верств українського народу й велику гуманність, по силі тону, пластичности й яскравости форми, не мають собі подібних в старій українській літературі. Вони всі, крім одного, не були друковані й ходили в рукописах.
Та поруч літературної полеміки велася й цілком реальна боротьба. Перш за все мало реальне значіння те, що польське правительство визнавало за легальну віру тепер тільки унію. Воно почало з репресій проти екзарха Никифора: він був зразу після собору заарештований під закидом, ніби він був турецьким шпигом. Не вважаючи на протести з боку князя Острожського, його відвезли до Марієнбургської фортеці і, хоч вина його не була доведена, тримали його у вязниці, доки він там не помер. З другого боку царьгородський патріярх затвердив постанови православного собору в Бересті, і вони таким чином добули собі канонічну санкцію.
По смерти Рогози митрополитом стаз енергійний Потій, котрий повів рішучу боротьбу за переведення унії в життя. Він почав переслідувати непокірних ігуменів і священиків, одбирати у православних монастирі й друкарні, засновувати уніятські школи. В особі ігумена Веньяміна Рутського, сина московського еміґранта, Потій знайшов собі відданого помішника, котрий по смерти Потія став його наступником на митрополичій катедрі. Позбавлена своєї ієрархії (православний єпіскоп держався поки що тільки у Львові), православна церква впадала в стан повної дезорґанізації, яку зручно використовували прихильники унії. Православна шляхта, як могла, боронила інтереси всієї церкви. Вона заключила формальний акт конфедерації або політичного союза з протестантами в Польщі: гуситами, реформатами й лютеранами.
В 1599 році відбувся у Вільні зїзд, де був присутній сам князь Острожський, білгородський митрополит Лука, духовенство й миряни. Прибули представники гуситів, реформатів і лютеран. На зїзді ухвалено конфедерацію, себто політичний союз, котрим шляхта православна й протестантська зобовязувалися «зберігати між собою мир і не допускати, щоб ріжниця віри й церковних обрядів вела до проливу людської крови та щоб когось було карано за віру конфіскацією майна, позбавленням чести, кайданами й вигнанням». Після цього стало легше боротись на соймі. В 1601 році сойм постановив припинити судові процеси в справах релігії й ухвалив, щоб православні церковні бенефіції роздавалися тільки православним, але король не затвердив цієї ухвали. На соймі 1603 року конфедерація знову виборола постанову про поворот деяких, захоплених уніятами монастирів православним, але король не допускав ніяких загальних принципових постанов. Хоча він при своїм вступі на престол і підтвердив у 1533 році урочисто основи релігійної терпимости, але тепер, під впливом єзуїтів, отверто порушував ці обіцянки. І тільки після довгих зусиль під погрозою «рокошу», себто повстання, шляхта добилась того, що в 1607 році сойм ухвалив, що за грецькою вірою православного обряду залишаються її давні права, і духовенству, яке не хотіло приймати унії, дарувалася амнестія.
Але ці постанови сами по собі не мали великого значіння. В Польщі вже входило в звичай, що все вирішували не постанови та декрети, а фактичне відношення сил. А це відношення сил було не на користь православних. Не вважаючи на велике роздратування в православнім таборі, ідея унії потроху знаходила собі прихильників серед православних духовних і то не тільки таких, що схилялися до унії з особистої користи, але й з мотивів ідейного характеру. Вона знаходила навіть своїх фанатиків і мучеників. Але ще більше значіння мало те, що навіть незалежно від унії в початках